如前文所述，段祺瑞为使其统治合法化而筹备的善后会议没有接纳孙中山的建议，邀请人民团体代表、国民党方面人士为与会人员，因此善后会议遭到了全国的反对，就连黎元洪、梁启超、章太炎等也拒绝参加。但段祺瑞一意孤行，于1925年2月1日召开善后会议，至4月21日结束，通过了《国民代表会议条例》等议案；不过，在各方的抵制和反对下，段祺瑞所策划的国民代表会议始终没能成立。为容纳善后会议会员、粉饰民主，段祺瑞又在1925年7月30日成立临时参政院。

善后会议后不久，北方各军阀之间冲突又起，其根源在于奉系与直系、奉系与冯玉祥之间的矛盾激化。至1925年下半年，各派军阀之间的大混战再次打响。

第二次直奉战争后，冯玉祥、张作霖共同控制北京政府。冯玉祥按照双方划定的势力范围，沿京汉线及豫、陕、甘发展，但却屡屡遭受奉军的压迫，冯玉祥和奉系的矛盾便激化，准备兵戎相向，但当时冯玉祥的军事力量却远不如张作霖。1924年12月，出任中华民国临时执政府临时执政的段祺瑞下令免去了齐燮元的职务，任命卢永祥为苏皖宣抚使，于是卢永祥积极准备一雪“江浙战争”战败的前耻。同时，奉系张作霖为谋求扩张势力于长江流域，以援助卢永祥为名，派张宗昌率兵偕卢南下。1925年1月，张宗昌、卢永祥联军击败齐燮元，张宗昌率奉军一万多人进入上海。同年，奉军多次入关，抢占地盘，到9月，津浦路沿线各省区全部为奉系所占有，其势力达到鼎盛，占据了中国一半以上的富庶地区。

奉系的扩张严重威胁到直系浙江督军孙传芳，他联络直系各方势力，以及在北方与张作霖矛盾激化的冯玉祥，发动了奉浙战争。1925年10月，孙传芳自任浙、闽、皖、赣、苏五省联军总司令，分兵进攻奉系，目标直指上海、南京和丹阳。驻上海奉军将领仓促应战，兵败逃入租借；奉系江苏军务督办杨宇霆也在南京被围时，渡江乘车潜逃；安徽方面奉军见沪宁失利，也仓皇撤退。得知前线奉军溃败后，张作霖大发雷霆，即刻派出大军南下反攻，自己也亲率白俄军由济南向南开进以为策应，结果几路大军均被孙传芳击败，一路北撤；孙传芳则一直追击到徐州以北方才停止。孙传芳停止追击奉军，主要是担心孤军深入，恐有不测；另外，在横扫苏皖后，孙传芳急于筹组五省联军，所以主张罢兵息战。张作霖一败再败，本想亲率大军南下，与孙传芳决战，但由于北边有冯玉祥的牵制，故不敢轻举妄动。更为严重的是，奉系内部矛盾激化，竟发生了郭松龄倒戈反奉事件，使他更无暇南顾。于是，1925年11月8日，孙传芳占领徐州，奉浙战争宣告结束，从此东南五省成了孙传芳的势力范围。

下面说说影响奉浙战争进展的郭松龄倒戈反奉事件。奉系军阀原分为新旧两派，旧派以张作相为首领，新派以杨宇霆为首领；新派之中，又有士官派和大学派之别，士官派以杨宇霆、姜登选为中坚，大学派则以郭松龄、李景林为代表人物，两派互相倾轧，由来已久。奉系在第一次直奉战争中失败后，新派逐渐得势，姜登选、郭松龄、李景林等均居要职，而曾任张学良老师的郭松龄尤为张学良所倚重，因而为同僚所忌。第二次直奉战争奉军入关后，张宗昌、杨宇霆、姜登选、李景林都得到了一省军务督办之职（张宗昌任山东军务督办，杨宇霆任江苏军务督办，姜登选任安徽军务督办，李景林任直隶军务督办），唯独郭松龄一无所得，本想要一热河都统做做，却也被杨宇霆所阻。于是，郭松龄与杨宇霆等的矛盾加深。另外，郭松龄早年曾加入同盟会，1917年南下投靠孙中山，参加护法军政府，受到民主主义思想的影响，所以他对张作霖的穷兵黩武、祸国殃民也一直深为不满。

奉军内部派系的矛盾最终为冯玉祥所利用。1925年11月，郭松龄、李景林与冯玉祥暗中结成反奉三角同盟。11月22日，郭、冯正式签定了“反奉密约”，双方约定：反奉成功后，由李景林治理直隶、热河，郭松龄改造东三省，冯玉祥开发西北；同日，郭松龄通电要张作霖立即让位，由张学良接管大权，要求杨宇霆立刻下野，宣布国奉两军停止交战。11月23日，郭松龄率七万大军，在滦州宣布独立，并将驻守关内的奉军将领姜登选等诱捕，发兵出关攻奉，杀回东北；24日，郭松龄再发通电，历数张作霖的罪行，拥举张学良为司令，以“清君侧”为号召；25日，冯玉祥、李景林宣布“中立”，并分别发出通电敦促张作霖下野；26日，郭松龄军突破榆关防线，27日过山海关，29日夺取绥中；同日，张作霖任命张学良为前线总指挥，指挥部队堵击郭松龄。11月30日，郭松龄将所属部队改为东北国民军，自任总司令。12月5日，又克连山，6日占领锦州，7日逼近沈阳，辽沈震动。

作为奉系的后台，日本最初要求郭松龄承认张作霖与日本订立的一切条约，但遭到拒绝。12月8日，日本关东军向郭松龄发出警告；13日，郭松龄军进抵营口河北车站时，遭到日军阻截；22日，奉军在日军支持下，重新部署，与郭松龄军激战巨流河，郭松龄孤军无援，大败；24日，郭松龄夫妇被奉军马占山部抓获，25日二人被枪毙。

在郭松龄倒戈反奉的同时，冯玉祥也在待机而动，他趁热河奉军回援之际，派兵占领热河。12月初，冯玉祥向奉系直隶军务督办李景林发起全面进攻，24日占领天津，迫使李景林败走山东依附张宗昌。至此，冯玉祥的国民军控制了直隶全境，与河南的国民军联成一片。

经过郭松龄倒戈反奉一事，张作霖对冯玉祥可谓恨之入骨——冯玉祥不仅联合郭松龄反奉，还乘机占领热河和直隶；此外，郭松龄兵败被杀后，其余部加入冯玉祥的国民军，直隶奉军也有部分投诚。可以说通过郭松龄倒戈反奉事件，冯玉祥是又占了地盘，又得了人马，怎么能不叫张作霖生气？！

就在郭松龄倒戈反奉之时，南方直系军阀吴佩孚挥军北上讨伐冯玉祥和张作霖。由于张作霖恨冯玉祥入骨，因此直奉很快又联合起来，共同进攻冯玉祥，引发国奉战争（也称冯张战争）。1926年元旦，冯玉祥被迫通电引退，将军队交给张之江、鹿钟麟等；1月下旬，张作霖挥师入关，驻于关内的奉系张宗昌、李景林的直鲁联军也从山东向河北进攻，湖北直系军队则发兵河南；同时，晋系阎锡山部也向山西的国民军进攻；日本为支持张作霖讨冯，派军舰在大沽口炮击国民军。如此一来，国民军便处于各派军阀的联合包围之中。1926年2、3月间，国民军败于河南；3月22日，李景林占领天津。

在日本军舰进入大沽口炮击国民军时，国民军曾开炮还击，于是日本以国民军破坏《辛丑条约》为由，联合英、美、法、意、荷、比、西等国公使于3月16日向北京临时执政府发出最后通牒，提出拆除大沽口军事设施等要求，限令48小时内答复，否则以武力解决。3月16、17日，在北京的国共两党开会，国民党徐谦与中共李大钊共同决定组织天安门集会，反对八国最后通牒。3月18日，北京共5000多人在天安门举行集会，并在广场北面搭建的主席台上悬挂孙中山遗像和他撰写的对联“革命尚未成功，同志仍须努力”。集会后，游行队伍从天安门出发，来到段祺瑞执政府门前广场请愿，期间段祺瑞派出军警控制局势，意图以武力驱散游行队伍，结果当场造成47人死亡，200多人受伤，这便是“三·一八惨案”。在这次惨案的死者中，就有我们熟知的刘和珍，这也是鲁迅写《为了忘却的纪念》的原因。段祺瑞在得知政府卫队打死徒手请愿的学生之后，立即赶到现场，面对死者长跪不起，并从此终生食素，以示忏悔（妈的，比GCD在89年的表现强多了，连军阀都不如）。 

“三·一八惨案”后，强大的民意压力迫使国会召集非常会议，通过了严惩祸首的决议。随后，监察厅调查取证，证实军警击毙请愿者属违法，要求国务院阁员总辞职。

在当时，对北京威胁最大的是由关外杀来的奉军和关内奉系的直鲁联军，而且因“郭松龄倒戈反奉”一事，奉系与国民军的矛盾已经难以化解，更何况张作霖提出的议和条件是“国民军必须放弃直隶、热河、京畿三区”。在这种形势下，国民军打算兵行险招——联吴拒奉，并以尚在北京为自己所控制的直系曹锟为疏通渠道。由于直系吴佩孚方面表示必须先赶走段祺瑞，恢复曹锟自由，才可能继续谈下去，于是4月9日夜，国民军将领鹿钟麟发动政变，宣布讨段迎吴，段祺瑞率安福系要员逃入东交民巷。不过，战争却没有如鹿钟麟预想的那样结束，吴佩孚拒绝了国民军的投诚，继续进攻；4月15日，国民军被迫由北京撤至南口，与直奉晋联军激战四个多月后，最终放弃华北，退往绥远及西北一带。

国民军退出北京的当天，段祺瑞复职，直奉联军随后也进了北京。后来，段祺瑞曾打算“联奉抗吴”，并保住自己的地位，但奉系对此极其冷淡。1926年4月20日，段祺瑞辞职，退居天津租界，由国务院摄行大总统职 ，中华民国北京临时执政府宣告解体。从此，段祺瑞退出中国政坛，直到去世，而北京政权则落入直奉军阀手中。