咱们还是把焦点转回到国父孙中山先生身上。当初民国建立时，虽然孙中山让位于袁世凯，但他却始终奋战在反帝、反军阀的前线。早在袁世凯死后的第三天，孙中山就发表了《规复〈临时约法〉宣言》，重建国会威信；“府院之争”时，又接连发表声明或通电，反对对德宣战，维护国会职权；后来张勋进京复辟，孙中山又揭露张勋之阴谋，呼吁西南各军阀讨张护法。

在当时，西南军阀所受到的最大威胁是来自北洋军阀，因此在“府院之争”中，他们纷纷拥护黎元洪，支持国会，维护《临时约法》，反对北洋军阀专权擅政。到段祺瑞胁迫国会对德宣战和八省皖系督军宣布脱离中央，企图以武力倒黎时，云南督军唐继尧通电表示反对武力干政，拥护总统和国会，广东督军陈炳焜、广西督军谭浩明和驻粤滇军总司令李烈钧也联名通电，宣布联合西南各省，兴师讨逆。后来，陈、谭两督军以国会被解散为由，宣布桂、粤两省自主，不承认非法内阁。

张勋复辟并解散国会后，孙中山在上海召开会议发出“护法”号召，而被号召的对象，正是上述与北洋军阀有矛盾的各西南军阀。1917年7月6日，孙中山率“海琛”、“应瑞”两支军舰自上海南下，准备到广东组织护法政府。

就在孙中山等人南下广东途中，张勋复辟之乱被段祺瑞平定，于是孙中山敦促段祺瑞尽快恢复被张勋解散的国会。但是，段祺瑞受梁启超影响，认为中华民国已经被张勋推翻了，现在自己建立的是一个新政权，新政权没有理由非要恢复旧政权的法律和国会，因此拒绝恢复《临时约法》和召开国会。

7月17日，孙中山一行抵达广州黄埔，当晚即发表演说，阐明了护法宗旨，号召社会各界积极行动起来为维护约法、再造共和而斗争，从而掀起了第一次护法运动。19日，孙中山电邀国会议员南下赴粤，组织护法政府；22日，海军总司令程璧光和海军第一舰队司令林葆怿率舰队离沪赴粤，响应护法；接着，国会议员纷纷南下，西南桂、滇两系军阀、驻粤滇军和广东地方派军人也纷纷表示拥护护法。到8月中旬，抵达广州的国会议员已达150余人，但仍不足法定人数；8月18日，孙中山在黄埔公园宴请到粤议员，议定召集“非常国会”，组织护法军政府。

8月25日至9月1日，非常国会在广州开会，通过了军政府组织大纲，组建了中华民国军政府，又称南方护法军政府，选举孙中山为军政府海陆军大元帅，陆荣廷和唐继尧为元帅。中华民国军政府是与受段祺瑞操纵、破坏约法的北京政府相对立的，但军政府内部却并非铁板一块：两广和云贵军阀支持护法，很大程度上是为了与北方段祺瑞抗衡，防止被其并吞，同时趁机扩大自己的势力；但另一方面，为了不和北洋政府彻底闹僵，并保留回旋的余地，他们提出“只反非法内阁，不反大总统”，而且陆荣廷和唐继尧对于军政府授予他们的元帅职位均未宣誓就职，反对以元帅名义另设政府，刻意与孙中山保持一定距离。然而，对于革命领袖孙中山而言，他是的的确确的把维护约法、重建共和的希望寄托在了这些西南军阀身上。实际上，在黄埔军校之前，孙中山的武装革命活动，大多是依靠“联合”各派军阀力量来实现的，他自己并没有属于自己的军队，这也是此间孙中山屡屡碰壁的原因。

南方军政府成立后不久，孙中山即以大元帅名义下令讨伐段祺瑞等民国叛逆，北洋军阀内部矛盾也因此有所缓和。1917年10月，段祺瑞决定向南方用兵，实现“武力统一”。由于南方军政府位于广州，而广东又是西南各省与海外联系的交通枢纽，因此段祺瑞的主要战略目标必然是广东，但欲攻广东，湖南是必争之地，所以整个护法战争中，湖南一带的战斗是最激烈的。

为了保存皖系的势力，段祺瑞下令直系部队进攻湖南，而冯国璋也不是傻子，他也暗中与南方军阀联络，提出“和平统一”的口号，以求保存自身实力并伺机夺取北京政权。在北军进入湖南时，湖南革命党人已经宣布湖南自主；10月，南北两军在衡山一带交战，南军全线战败，但随后又打出了几次漂亮的反击，扭转了战局，两军因此陷入鏖战。为了缓解湖南护法军的压力，陆荣廷于11月决定由李烈钧率驻粤滇军、海军和陈炯明之粤军联合进攻闽浙，但军队还没动，就得到了攻湘北军宣布停战议和的消息。

攻湘北军大多出于直系，直系冯国璋本来就对“武力统一”态度暧昧，其部下也对此政策持有异议，再加上攻湘北军此时已经打的筋疲力竭，无心再战，所以才会提出停战议和，同时也趁机发展自己的在湘势力。但南军不傻，他们认为这是北军的缓兵之计，于是没有停火，而是继续进攻，将已无心恋战的北军打败，占领了长沙。此时，南军中各派之间的矛盾显现出来，使得护法军最终没能协调一致，取得进一步的军事胜利。

由于进入湖南的直系军队消极怠战，各省直系督军又联名通电，主张与护法军政府和平谈判解决问题，段祺瑞的武力统一计划因此流产，不得以辞去了国务总理之职，冯国璋随即准备开始与南方的谈判。对于北方抛来的橄榄枝，孙中山认为，这不过是北洋政府的缓兵之计罢了，并宣称：除非恢复约法和国会，否则断无磋商之余地；同时，非常国会敦促占领长沙的军队和湖北方面的北洋军队联合起来进取岳阳和武昌，两军皆有积极响应。然而，桂军却在陆荣廷的授意下宣布：段祺瑞已经辞职，事情已经得到根本解决，应该停战；这使得长沙方面南军因兵力不足，未能及时进攻岳阳。孙中山转而又把希望寄托在滇系军阀身上，他致电云南督军唐继尧，敦促其沿江东下，与湖北方面军会攻武汉，并指出陆荣廷之停战议和完全是为了一己私利；谁知唐继尧却借故拖辞，使得湖北义军处境日益危险。

转过头来看段祺瑞。下野后，段祺瑞并没闲着，他一方面策动各省皖系军阀，一方面拉拢奉系张作霖和直系实力派曹锟，于12月在天津召开会议，一致要求冯国璋明令讨伐湘粤，奉军也乘机入关，进驻直隶。其实，冯国璋的“议和”也不过是敷衍南方罢了，在死守岳阳、维护北洋军阀利益的问题上，他与段祺瑞并无分歧，因此，在天津会议的胁迫和自身地盘受到威胁的形势下，冯国璋接受了段祺瑞等制定的作战计划，并将军事指挥权交予段祺瑞。这时，日本政府也表示全力支持段祺瑞及北洋主战派，于是1918年初，冯国璋通电北洋各督，下令继续对护法军作战。喧嚣一时的南北停战议和活动到头来没能带来和平，反而是给北洋政府赢得了整军备战的时间，使南方军政府内部扩大了矛盾，并丧失了会攻武汉的有利时机。

陆荣廷和其它护法军将领见冯国璋重新倒向主战派，和谈已无希望，便决定在北军主力抵湘之前，先发制人，攻取岳阳。战斗打响后，护法军表现神勇，打得北军节节败退；护法军长驱直进，抵达岳阳城下，守城北军将领撤逃，由湘、桂、粤军队组成的护法军联军于1月底占领了岳阳。由于桂系满足于对湖南的占领，不愿触及湖北直系军阀的地盘，因此护法联军没能趁热打铁夺取武汉，丧失了乘胜北进的大好时机。