经过半年的奋战，到1918年2月，南方护法政府所属部队取得了很大的胜利，控制了湖南的长沙、岳阳，四川的重庆和成都。与此同时，其它各省护法势力也积极响应，纷纷宣布独立，护法烽火已遍及全国十几个省。但是，广东军政府在政治上是一个脆弱的政府，孙中山本人也缺乏组织和领导全国护法武装的能力，革命党人的经济和军事实力也不够强大；此外，作为护法军主力的两广和云贵军阀各怀鬼胎，不愿听命于军政府的调遣。因此，护法运动名义上由军政府领导，但实际上是各省护法势力各自为战，始终未能形成统一的指挥。

就在护法运动节节胜利之时，陆荣廷、唐继尧与军政府之间的矛盾逐渐尖锐，桂系军阀对军政府活动百般刁难，实行财政封锁，甚至杀害军政府任命的官员。同时，广东督军陈炳焜也极力拉拢广东地方派军人，对军政府搞“釜底抽薪”，不但笼络到了军政府海军总长程璧光，而且继任督军莫荣新还驱逐、杀害军政府人员。

1918年2月，北京政府以直系曹锟为总司令，派军大举南下，第二次进攻湖南，护法军仓促分兵御敌。直系吴佩孚率部兵分三路向南直扑，一路势如破竹，于当年3月中旬进占岳阳，护法联军退往长沙；与此同时，另一支北军也突破护法军防线，占领平江。面对北军进攻的连连得手，驻长沙湘桂粤军“联帅”谭浩明束手无策，毫无作为，甚至率领桂军撤离长沙，使长沙城防空虚，吴佩孚不费一枪一弹便开进了长沙。

1918年3月，冯国璋重新任命段祺瑞为国务总理。北军占领长沙后，段祺瑞即下令吴佩孚发兵湘南，同时积极联络日本签订“共同防敌”军事协定。4月，护法联军集中兵力攻击分兵南下的北军中最薄弱的一路，取得了湘东反击战的胜利，但在随后发动的反攻战斗中被吴佩孚击败，湖南大部为北军所占，护法联军全部退守湘桂边界。5月，南北两军在湘西展开争夺战，双方互有胜负，而已无心再战的湘西护法军也于此间向冯国璋提出了“休兵息战，划地自守”的建议。

在第二次攻湘战斗中，段祺瑞派出的部队仍以直系为主，目的仍是为了“直系出力、皖系收利”；在曹锟、吴佩孚率直系军克岳州、占长沙后，段祺瑞任命皖系张敬尧为湖南督军，引起了曹、吴二人的不满。在这种情况下，借着南方军队的“求和”以及全国上下的反战情绪，直系军按兵不动，并通电南军停火休战，6月，吴佩孚私下与南军订立停战协定。

护法运动中，南北双方除了在湖南战场你争我夺之外，在四川、广东、江西、福建方面也有激烈的战斗。

1917年8月，唐继尧指挥滇黔靖国军进攻四川，12月进占重庆，次年2月占领成都。1917年12月，陈炯明就任攻闽粤军总司令，1918年1月，陈炯明在广州誓师，三路攻闽，但随后即因饷械为广东桂系所制而在闽粤边境滞留三个月之久，至5月才开始进攻，取得一定进展。随后，闽浙联军大举反攻，粤军遭各个击破。此时，陈炯明已有归附北京政府之意，但北军气焰正盛，对陈炯明的示好置之不理，继续穷追猛打。无奈之下，陈炯明重新组织反击，并于8月反败为胜，粤军全线反攻，占领漳州，继而向厦门推进。11月，粤军与闽浙联军在福建前线划界停战。

当初，在护国战争后期，广东将军龙济光迫于来自桂滇的军事压力宣布广东独立；袁世凯死后，桂滇护国军向龙济光发动进攻，龙济光走投无路，后在黎元洪的调解下率残部移驻琼州（海南岛），陆荣廷出任广东都督。护法战争爆发后，段祺瑞调北军攻湘，龙济光认为时机已到，便致电冯国璋，表示愿意充当攻粤前驱。1917年12月，龙济光渡海攻粤，广东督军莫荣新紧急组织讨龙作战。1918年3月，讨龙军总指挥李烈钧四路齐攻，大败龙军，随即将龙济光主力包围，龙济光弹尽粮绝，老巢海南岛又已宣布独立，无奈之下，只得弃军而走，逃到北京投靠了段祺瑞。

1918年4月，驻江西北洋军奉段祺瑞之命三路攻粤，广东方面立刻从讨龙战场上调部分滇军北上抵御，不久讨龙军其余各部也纷纷前往增援，将赣军击退。后由于粤、桂军意见存在纷歧，俱无战意，陆荣廷也主张以湖南战场为主，粤赣边事宜取守势，因此广东方面没有乘胜追击，南北两军相持，再无大的战事。

吴佩孚于1918年5月间主动停止攻湘，虽然打乱了段祺瑞的进攻部署，加剧了直皖之间的矛盾，但同时也加速了桂系与直系的勾结，极大的影响了孙中山的护法运动。护法之初，广东督军陈炳焜属桂系，广东一直就是桂系的势力范围，前面提到过，桂系军阀在经济上拆军政府的台，垄断广东财政，分文不给；军事上，则是分化、打击、排挤服从军政府的军队，甚至暗杀了海军总长程璧光；政治上，他们更是阴谋改组军政府，挤走孙中山。1918年1月，桂系军阀勾结滇、粤、湘等省军阀，拉拢非常国会中的政学系议员及革命党中持不同政见者，发起成立“西南各省护法联合会”，作为西南护法各省的统一组织，欲夺取护法战争的领导权，架空广州护法军政府。后由于孙中山和国会部分议员对“联合会”的坚决反对，政学系议员和旧国民党中的不坚定分子又提出了改组军政府的建议，并于1918年5月4日通过了《修正军政府组织法》，将大元帅制改为七总裁制（也称总裁合议制）。当日，孙中山被迫向国会辞去大元帅职，并发表通电指出：“顾吾国之大患，莫大于武人之争雄。南与北如一丘之貉”。5月20日，非常国会选举唐绍仪、唐继尧、孙中山、伍廷芳、林葆怿、陆荣廷和岑春煊七人为总裁，废除大元帅制，孙中山虽然位居其一，但已毫无实权。5月21日，孙中山愤而离开广州，前往上海，表示与西南军阀决裂，第一次护法运动以失败告终。自此以后，广州护法军政府完全为桂系军阀和政学系议员所控制，与北洋政府妥协议和。
　　
1918年8月，吴佩孚等公开通电主张和平，反对段祺瑞的“武力统一”政策，护法军政府也表示赞成，段祺瑞被迫下令前线各军停止进攻，各地区战事随即逐渐停止。

当初冯国璋接任总统时，其头衔是“代总统”，按照《临时约法》，到1918年10月10日，其代总统任期届满，这便给了段祺瑞“合法”的搞掉冯国璋的机会。此前，为了能操纵国会选举，进而控制政权，段祺瑞从日本借款中拿出80万元，收买了一批官僚政客，又在1918年3月间，组织了一个“安福俱乐部”，形成了为皖系效力的“安福系”。当年8月国会改选时，安福系大肆活动，收买选票，最终赢得了国会中的多数席位，这个新国会因此被称为“安福国会”，此后段祺瑞的一切提议便都有了国会的支持。9月，国会进行总统选举，由于段祺瑞和直系矛盾很深，而直系在北京内外又有很大的势力，因此段祺瑞为免矛盾激化，没有参与总统竞选；当然，由皖系控制的“安福国会”自然也不会选直系的人做总统。经过幕后多方密谋，最终段祺瑞操纵“安福国会”选举手无兵权、较为超然的北洋元老徐世昌为大总统，冯国璋被挤出了北京中央政权，次年病逝，直系由曹锟、吴佩孚执掌。