1916年6月6日，袁世凯毙命的当天下午，段祺瑞就以国务院名义通电全国，宣布奉“袁大总统”遗令，“依约法第二十九条”，“以副总统黎元洪代行中华民国大总统之职务” 。然而，这里所提的“约法”并非孙中山时期制定的《临时约法》，而是袁世凯时制定的“新约法”——《中华民国约法》；因此，广东军务院以及旧国会议员认为：黎元洪出任大总统，应当按照以《临时约法》为依据而制定的《总统选举法》，不是“代行”，而是“继任”。于是，北南各派之间出现了“代行”与“继任”、“新约法”与“旧约法”之争。

当时，军阀们割据一方，中央政令经常是不出都门的，但即便如此，军阀们依然不断的争夺中央政府的控制权，交替操持国政，这主要是因为谁控制了中央政府，谁就可以享有国家的税收，尤其是关税，同时向外国借债也比较容易些。段祺瑞不肯恢复《临时约法》和根据《临时约法》产生的国会，正是为了把持政府、独断专行。段祺瑞的这种做法遭到了其它各派势力的强烈反对，被迫同意恢复《临时约法》，但却仍借故拖延，直到6月25日海军在上海宣布独立，段祺瑞才在冯国璋的电促下于6月29日请黎元洪恢复国会，南方军务院遂于7月14日宣布撤销。8月1日，国会在北京召开，黎元洪被确定为“继任总统”，重新任命段祺瑞为国务总理，选直系冯国璋为副总统，新旧约法之争暂告结束，南北再次统一，但直系和皖系之间的斗争却开始上演了。

黎元洪继位之初，直系冯国璋时任江苏都督，不在北京，皖系段祺瑞握有中央政治大权，欲独断朝纲，从而引发所谓“府院之争”。这里，“府”即总统府，也就是大总统黎元洪为代表的政治集团；“院”即国务院，是指以内阁总理段祺瑞为代表的军阀政治集团。段祺瑞欲架空黎元洪，他执掌的责任内阁也不断向总统争权，二者水火不容，最后府院协议严格划分权力，但却仍然难以相互协调。

此外，在梁启超“不党主义”的影响下，原进步党改称“宪法研究会”，拥护段祺瑞；原国民党议员则在黎元洪集团的支持下，基本上反对段祺瑞而拥护黎元洪。这两大集团的争权夺利也反映在“府院之争”上。在外交上，日本要扶植段祺瑞势力，而英美则支持黎元洪抵制日本，列强之间为争夺在华利益而产生的争斗也加剧了“府院之争”。最后，由于直、皖两系军阀之间也存在矛盾，副总统冯国璋便暗中站在了黎元洪的一边。

1917年初，第一次世界大战陷入僵局，虽然美国加入了协约国，对德国宣战，但英法在欧洲战场仍没能取得突破，英法美等国都希望中国能对德宣战。而在中国，在“是否参加第一次世界大战”问题上的争论却导致了“府院之争”的白热化。当时，段祺瑞在日本的支持下主张参战，意图以此为名得到日本的借款，从而扩大皖系势力，梁启超、蔡元培等都表示赞成；美国本来希望中国与其一起对德宣战，但后来看到段祺瑞倒向日本，又主张中国暂不参战，黎元洪、冯国璋等便按美国的意图反对参战，国会也表示反对；此外，孙中山也是反对参战的。

反对派中，最为段祺瑞所忌惮的就是黎元洪和国会，于是他召集各省督军到北京举行督军团会议，提议赞成参战，后又在国会讨论此提议时，派出军警流氓，打着“公民请愿团”、“陆海军人请愿团”的旗号，包围国会，殴辱议员，胁迫国会通过议案。段祺瑞的做法激怒了议员，他们宣布暂停会议，暂缓议决该议案，待新阁组成后再讨论；随后，内阁成员相继辞职，段祺瑞成了“光杆总理”。

这时，国会听闻督军团赶赴徐州与张勋合谋，要拥立溥仪复辟，同时段祺瑞向日本秘密借款一亿日元的消息也不胫而走。于是，黎元洪先发制人，于5月23日下令免去段祺瑞国务总理和陆军总长的职务，以外交总长伍廷芳代之。此令一出，段祺瑞立即命令八省皖系督军宣布脱离中央，并电促黎元洪辞职，其本人则离京赴津，在天津组织“独立各省总参谋部”，与北京的黎元洪政权相对抗。黎元洪先后请出北洋元老徐世昌、王士珍（王士珍、段祺瑞和冯国璋并称“北洋三杰”）等人居中调停，但均遭拒绝，被迫请徐州张勋“即速来京，共商国是”。

关于“辫帅”张勋，我在上篇文章中提到过。民国成立后，在德日两国的支持下，张勋的“辫子军”逐年壮大。从袁世凯死到段祺瑞被免职，张勋多次在徐州召集部分军阀开会，商讨复辟计划；当黎元洪邀请张勋赴京时，张勋意识到复辟的时机已经成熟。1917年6月7日，张勋以调停“府院之争”为名率3000“辫子军”北上，途径天津，会见段祺瑞，得到了段“愿意合作”的承诺，随即通电胁迫黎元洪解散国会，否则将诉诸武力。6月13日，黎元洪被迫下令解散国会；14日，张勋率军入京，开始秘密布置复辟；28日，康有为乔装进京，为复辟出谋划策。

1917年6月30日夜，张勋、康有为等数十人进入紫禁城，挟溥仪至太和殿，并于次日复辟称帝，改民国六年为宣统九年，大肆封赏功臣，张勋被封为内阁议政大臣、直隶总督兼北洋大臣，得到了最高权力。与此同时，复辟派还强迫百姓、商铺悬挂大清的黄龙旗，前清遗老遗少们则购来假辫，在大街上招摇，很多新贵们来不及制作朝服，便将装殓死尸用的清式寿衣和剧班的戏服、发辫抢购一空。

黎元洪闻听张勋复辟后，逃入日本使馆，并电令冯国璋代行总统职权，恢复段祺瑞为国务总理，令其出兵讨伐。

张勋的倒行逆施，激起了全国上下的一致反对。孙中山在上海发表《讨逆宣言》，并准备组织武力讨伐张勋；赞成复辟的各省军阀也都不敢轻易表态；就连列强也感到张勋复辟必败，于是改变态度，支持段祺瑞讨伐张勋。段祺瑞见借张倒黎的目的已达，便于7月4日在天津附近誓师讨逆，并与冯国璋联名通电，列举张勋八大罪状，号召全国共诛之。张勋的辫子军兵力薄弱，小战即败，段祺瑞于7月12日率军进入北京，张勋只身逃入荷兰使馆。同日，溥仪再次宣告退位，复辟丑剧只演了12天就结束了。

张勋复辟失败后，黎元洪被迫通电下野，并推副总统冯国璋代理大总统。8月1日，冯国璋入京就职，但继续担任内阁总理的段祺瑞因有“再造共和”之功，其声望和势力远高于冯国璋。8月14日，段祺瑞政府正式对德奥宣战，加入协约国。从这一年开始一直到一战结束，中国虽然没有派军队直接参战，但却先后派出了十多万劳工到欧洲参与战争服务。

对德宣战后，段祺瑞假借各种名目向日本借款，名为建立参战军，实则是为扩大皖系的势力，推行“武力统一”政策。出于扶植在华代理人的目的，日本对此“慷慨解囊”，并派西原龟三来华商讨细节；此后两年多时间里，西原多次奔走于两国之间，段祺瑞则派曹汝霖、陆宗舆、章宗祥等经办，总计贷款超过3亿日元，史称“西原借款”。通过贷款，日本也取得了不少在华利益，如东北、华北的铁路，黑、吉两省的金矿和森林等，可以说段祺瑞贷款对中国的损害远远超过了袁世凯时期的二十一条。