1898年5月，恭亲王奕欣病死。前面说到过，奕欣在甲午战败后被朝廷重新起用，成了领班军机大臣，但当时光绪帝重用翁同龢，朝中大事皆翁一人主之，奕欣因此知趣不语。不过在奕欣眼中，翁同龢不过是“学而无术”的书呆子，只会上书言事，并非实用经世之才，而光绪帝重用的恰恰都是这班人，所以奕欣对即将开始的变法是持保留态度的，他看好的仍然是李鸿章、张之洞，在其弥留之际，他曾向前来探望的慈禧和光绪极力推荐此二人。

奕欣死后，变法的阻力进一步减小，康有为趁机敦促光绪请求变法，光绪帝也颇有决心的说：“太后若仍不给我事权，我愿退让此位，不甘作亡国之君。”。1898年6月11日，光绪皇帝颁发“明定国是诏”，正式宣布变法，戊戌变法开始了。随后，康有为、黄遵宪、谭嗣同、张元济、梁启超、杨锐、林旭、刘光第等人被提拔作为皇帝的智囊协助维新。

在“戊戌新政”中，光绪帝先后发出100多道维新谕旨，从政治、经济、军事、文教等诸多方面做出了改革，但是，戊戌变法从一开始就触动了清廷高层的利益集团，变法带来的冲突一直都存在。虽然光绪的《定国是诏》是经慈禧批准后才发的，但新法刚开始实施就遭到了后党的竭力反对。6月15日，慈禧迫令光绪帝连下三道谕旨：免去翁同龢的职务；规定今后凡二品以上大臣授新职，都要到太后面前谢恩，这其实是为了保证慈禧能控制朝廷的人事任免权；任命慈禧亲信荣禄为直隶总督，统率董福祥甘军、聂士成武毅军、袁世凯新建陆军，即北洋三军，使慈禧完全控制了京畿地区的军政大权。

面对严峻的局势，康有为等人建议光绪帝聘请日本明治维新名臣伊藤博文为“客卿”，英国传教士李提摩太任顾问，以借重日本、英国的势力；此外，康有为还打算拉拢掌握新军兵权的袁世凯来对付荣禄。袁世凯早年加入康有为所办之强学会，表示拥护维新变法，而且他还是荣禄的亲信将领之一，他所统帅的北洋三军中的新建陆军是当时清军中的劲旅，袁世凯是以成为军队中的实力派，康有为因此向光绪推荐袁世凯，还写了一道密折交谭嗣同递上，建议“结袁以备不测”。光绪采纳了康有为的建议，连续两天召见袁世凯，授予他侍郎侯补，专办练兵事宜，并嘱托“此后可与荣禄各办各事”。袁世凯权衡新旧双方力量对比，一面感谢光绪帝的“特恩”，一面到礼亲王世铎、庆亲王奕匡以及刚毅、裕禄、王文韶、李鸿章等权臣处周旋，探听口风。

这时，政变形势已是山雨欲来风满楼，袁世凯被召进京封侍郎侯补后，荣禄非常紧张，他谎称英俄在海参崴开战，大沽口外战舰云集，借以调动军队：调聂士成武毅军驻天津，调董福祥甘军移驻北京外围长辛店，以防袁世凯有变；同时，荣禄还写信给袁世凯，催促他赶快返回天津。此外，内务府总管大臣立山率亲贵旗人、御史杨崇伊、庆亲王奕匡、端郡王载漪等相继赴颐和园，请求慈禧太后训政。

9月17日，光绪帝命杨锐传密诏，指示康有为火速离京，赴上海督办官报，以保存维新力量。18日，康有为等见到密诏，嚎啕大哭，束手无策，最后决定让谭嗣同去说服袁世凯举兵勤王。当夜，谭嗣同在法华寺见到袁世凯，谭嗣同说：顽固派策划趁十月天津阅兵时发动政变，废黜光绪帝，希望袁兄率兵杀荣禄、除旧党、围困颐和园，逼慈禧太后归政皇帝，如果袁兄不愿，大可拿谭某的头去荣禄那里请赏。袁世凯听后慷慨陈辞“但能有益于君国，必当死生以之”，“我杀荣禄，如杀一狗尓”。然而，袁世凯心里清楚，谭嗣同的计划难度很大，自己的军队虽然精锐，但周围有聂士成、董福祥的军队牵制，这二人的军队数量远在自己之上，而且自己的军队驻扎在小站，距离北京好几百里，要长途行军，突破聂、董二军阻拦，奔袭颐和园，成功的把握实在太小。所以，袁世凯提出：“天津阅兵时，只要皇帝跑到我营中，下令除奸，我当义不容辞”。同时，袁世凯还提出事情紧迫，自己必须立刻回天津部署。

考虑到慈禧太后可能等不到天津阅兵就要下手，9月20日，康有为被迫离京赴沪，袁世凯亦于当日回到天津，将谭嗣同的计划向荣禄和盘托出，荣禄得知后大惊失色，急忙要回北京向慈禧太后报告。谁知就在前一天，9月19日，获知光绪将于20日召见袁世凯和伊藤博文一事的慈禧太后挟持前来请安的光绪皇帝自颐和园回宫，随即将光绪帝移居瀛台。20日，在慈禧的严密监视下，光绪按原计划召见了袁世凯及伊藤博文。

9月21日，慈禧太后临朝，正式宣布“训政”，下令北京城戒严，火车停驶，幽禁光绪帝于瀛台，废除新政，逮捕康有为等维新派人士，这就是历史上着名的“戊戌政变”。这等于说：荣禄还没来得及向慈禧太后报告谭嗣同等“杀禄围园”的计划，慈禧太后就已经在北京发动了政变。

在大搜捕中，康有为因早一日离开北京而免于被捕。当时，康有为正在赴沪的船上，在得知慈禧下令上海官员“一旦抓到康有为即就地正法”的消息后，在英国驻沪总领事白利南的协助下，康有为在抵达吴淞口前便得以脱身，安全来到香港。梁启超等人在日本人的掩护下化妆出京，由天津乘日舰去了日本。谭嗣同在戊戌政变后多方设法救援光绪帝，而且拒绝了“出走日本”的劝告，他表示：各国变法都是因流血才成功，而中国至今还没有为变法而流血者，这是国运不昌的原因，我谭嗣同愿做为变法流血的第一人。不久，慈禧得知谭嗣同“杀禄围园”的计划，谭嗣同等人相继被捕。9月28日，谭嗣同、杨锐、林旭、杨深秀、刘光第、康广仁被杀于北京宣武门外菜市口，时人称他们为“戊戌六君子”。

从1898年6月11日光绪下诏变法开始，到9月21日慈禧太后发动戊戌政变，戊戌变法前后进行了103天，是以又被称为“百日维新”。

戊戌变法失败的原因是多方面的，其中“袁世凯告密”历来被认为是重要原因之一，但也有人认为袁世凯接到荣禄的命令返回天津后，就被监视起来，没有回到小站军营，后来戊戌政变发生，袁世凯吓得魂飞魄散，以为密谋败露，是以向荣禄坦白，这才将谭嗣同的计划和盘托出。所以，戊戌政变的发生并非因袁世凯告密而起，而是慈禧太后单方面发动的——政变在前，告密在后。的确，事实上直到政变发生后数日，慈禧才知道“杀禄围园”一事，进而下令捉拿谭嗣同。