北伐军占领湖北武汉后，总司令蒋介石赴江西督战。1926年11月26日，国民党中央政治会议决定将国民政府迁到武汉，并派人赴武汉筹备迁都。不料，12月12日，苏联顾问鲍罗廷宣布成立“中国国民党中央执行委员会暨国民政府委员会临时联席会议”，以共产党人徐谦为主席，执行最高权力。在此情况下，抵达南昌的国民党张人杰、谭延闿等遂于1927年1月3日召开中央政治会议，在蒋介石的支持下，决定中央党部和国民政府暂驻南昌，武汉方面鲍罗廷和徐谦自然是不能接受。1月24日，武汉的共产党人和国民党左派开展了轰轰烈烈的抵制军权、反军事独裁、反蒋介石活动；2月21日，国民党中央在武汉召开中央执、监委员和国民政府委员扩大联席会议，决定国民党中央党部和国民政府即日在武汉正式开始办公，这场“迁都之争”暂时告一段落。

3月10日，国民党在汉口召开二届三中全会，对党内干部人选和国民政府体制进行了改革：废除了党的主席制，设中央执行委员会常务委员会，执行党的最高领导权，并以汪精卫、谭延闿、蒋介石、孙科、顾孟余、谭平山、陈公博、徐谦、吴玉章九人为常务委员，共同对中央执委会负责；此外，国民政府主席也被废除，而设置了国府委员28人，并选孙科、徐谦、汪精卫、谭延闿、宋子文五人为国民政府常务委员，实行常委集体领导制，处理国家政务；政治委员会主席制改为主席团制，军事委员会主席制也改为主席团制。这一系列的改革实际上是撤销了蒋介石的国民党中常委主席、中央组织部长、军人部长、国民政府政治委员会主席、军事委员会主席的职务，限制了他国民革命军总司令的权力。1927年3月20日，武汉国民政府正式成立，国民党和国民政府大权基本落到了国民党左派和中共手中。

面对来自党内左派和中共的压力，蒋介石开始准备反击。在当时，如果贸然将矛头对准党内同志（指国民党左派），不免惹来非议，事倍功半，因此蒋介石把反击的突破口放在了中国共产党身上。北伐期间，中共在苏联和国民党左派的支持下日益壮大，并按自身的发展策略，不断组织工人、农民运动。在北伐军尚未攻入上海前，中共在上海就组织了工人运动，既起到了里应外合的作用，又给后来上海的治安以及政权的统一造成了一定的影响，蒋介石对此极为不爽。农民运动方面，中共在湖南的成就最大，从老弱妇孺到有志青年基本都被发动起来，成立地方组织，甚至村自治政府。此外，中共的外交政策主要是依附苏联，打击美英列强，而蒋介石向来对英美颇有好感，这也是造成蒋介石厌恶中共的原因之一。

在蒋介石看来，或者说按照台湾历史教科书的说法，北伐期间，中共的所作所为是对当时国民政府和革命阵营的分化（指中共与国民党左派共同控制武汉政府），是在为国民党施加来自外部的干扰（指苏联和第三国际），所以蒋介石最终选择了与中共决裂。

1927年2月底，蒋介石亲临上海；3月27日，北伐军占领南京，由于苏联一直指使中共在军队中煽动反帝情绪，因此进入南京的北伐军制造了引起很大国际麻烦的“南京事件”——打死数十名欧美外交人员，强奸外国妇女，武装侵扰外国领事馆、教堂——以致美英军舰在长江上炮轰南京进行报复。为避免惹恼欧美列强使其干涉北伐，蒋介石下决心分共，铲除造成这一切“灾难”的根源。4月2日，中央监察委员会召开会议，蒋介石决定清党。4月5日，汪精卫和中共领袖陈独秀联名发表《国共两党领袖汪兆铭、陈独秀联合宣言》，宣布中国共产党坚决承认中国国民党及国民党的三民主义在中国革命中毫无疑义的重要。只有不愿意中国革命向前进展的人，才想打倒国民党，才想打倒三民主义。”，宣言最后还说，国共两党将为中国革命携手到底，绝不受人离间。汪精卫旋即离沪返汉，这实际是表明了对蒋介石清党政策的反对。但汪精卫的反对并没能阻止蒋介石的步伐，1927年4月12日，蒋介石出动军队，将中共组织的上海总工会纠察队3000余人缴械，清党正式开始。

4月13日，上海工人总罢工，游行抗议者达10多万人，蒋介石下令解散上海总工会，查封革命组织，并开始大肆逮捕、屠杀中共党员。4月15日，国民党中央监察委员会决定国民政府定都南京，并推举胡汉民为主席，通过了查办共党分子案；同日，国民党中央第二届常委会第七次扩大会议也在武汉召开，会议声讨蒋介石并决定开除其党籍，免去本兼各职。

首批被蒋介石通缉的中共骨干包括鲍罗廷、陈独秀、谭平山、林祖涵、毛泽东、刘少奇、张国焘、瞿秋白、刘伯承、徐谦等197人。大逮捕和大屠杀不仅发生在上海，广州方面也对黄埔军校内的中共组织进行了清查，南方其它地区，如无锡、宁波、杭州、福州、厦门、汕头等地都有中共党员遭到追捕，用共产党的话说，那就是一片“白色恐怖”。另外，在北方，奉系张作霖控制的北京政府也出动军警逮捕了在北方的中共领导人和国民党左派，李大钊就是此时被逮捕绞死的。4月26日，国民党中央常务委员会决定在各级党部进行彻底的清党；5月7日，中央清党委员会成立，不久发布了《清党条例》，海外和各省的清党委员会相继组建，清党工作遂遍及南方，各地被逮捕、杀害或逃匿的中共党员不计其数。

1927年4月18日，蒋介石在江浙和上海企业界的支持下，在南京另立国民政府，亦即南京国民政府，该政府与武汉国民政府对立，史称“宁汉分裂”。

对于蒋介石的这次清党，中共方面将其称为“四·一二反革命政变”，我本人对“反革命”这个提法历来心存反感，加之本系列是以中华民国为主角，因此在行文中没有采用中共的这一措辞，而是接受了台湾方面所提之“清党”这一较为中性的说法。对于“四·一二”的历史真相，由于国共两家说法差异甚大，至今已经无法说明真相之全部了。按照中共后来的说法，蒋介石到上海后，纠集流氓、地痞等组织了“中华共进会”和“上海工界联合总会”，以对抗中共控制的上海总工会；同时还一面发布文告限制工会和工人纠察队的活动，一面假惺惺的给工人纠察队送去亲提的“共同奋斗”的锦旗，来麻痹工人；而这时中共领袖陈独秀（所谓右倾投降主义一派）没有和蒋介石进行斗争，也不做应对突然事变的准备，只是一味妥协退让，结果被蒋介石利用，发动了政变。此外，中共还说：“四·一二”当天，是蒋介石自己派出了“青红帮”成员，向分驻上海总工会等处的工人纠察队发动突然袭击，然后在工人反抗时，便借口“工人内讧”，派军队强行将工人纠察队缴械，进而开始屠杀共产党人。

不管怎样吧，蒋介石的清党确实给中国共产党造成了巨大的损失，使中共的势力严重受挫，据说当时被杀的共产党人就有十几万之多，所以也难怪共产党对老蒋恨之入骨。在“四·一二”之后，国共关系破裂，到后来的“七·一五”之后，国共之间已经是水火不能相容了。在共产党的历史书中，认为这些事件标志着“大革命”的失败，而中共所认同的旨在驱逐军阀、打倒列强的北伐战争也于此时终止，后续者不算。

1927年4月，中共五大在武汉召开。当时“宁汉分裂”，在武汉还有一个国民政府，共产党在这个政府中还有一定的势力，或者说还没有遭到排挤，所以大会才得以在武汉召开。这次大会是在“四·一二”之后不久召开的，因此会议自然最关心今后共产党何去何从的问题。在重大危难面前，中共领导人陈独秀自然是难辞其咎，遭到了党内反对派的一致声讨，但他并没有因此失去最高领导权，中共也又在“黑暗”中摸索了近十年。