前面介绍过，1922年4月29日，第一次直奉战争在北方爆发。在此之前，孙中山已与皖、奉两系结成了孙、段、张“反直三角联盟”，也称“三角同盟”，因此广东方面本应尽早派兵北上，配合奉系张作霖部署军事行动。但是，由于陈炯明事件的发生，孙中山被迫中途返粤，耽搁了时日，因此直到1922年5月4日，孙中山才再发北伐令，在韶关建立新的北伐大本营，改从江西出兵北伐。

这一次，北伐军以李烈钧为总司令，兵分三路攻入江西，以期与北方奉军协同一致。不料，就在孙中山下令北伐的第二天，奉军就输掉了战争，张作霖率部撤出山海关，直系因此得以腾出手来阻击孙中山的北伐。尽管如此，北伐军仍然取得了节节胜利，于6月13日攻克赣州，随后进占吉安，直逼南昌。不料这一期间，北京政府以五百万银元收买了陈炯明，陈炯明乘广东空虚之机发动了兵变。

5月18日，陈炯明策动其亲信部将叶举等率部从广西返回广州，通电要求孙中山恢复陈炯明各项职务，并电请孙中山、徐世昌同时下野，还在广州滋事破坏，制造乱局。6月1日，孙中山率少数卫队从韶关赶回广州处理此事，陈炯明觉得时机已到，便于6月14日囚禁廖仲恺。6月16日凌晨，叶举等人发动兵变，包围总统府，炮击观音山孙中山住所越秀楼，孙中山携夫人宋庆龄化妆出逃，于17日登上永丰舰避难（这艘军舰于1925年孙中山去世后被改名为“中山舰”，1938年，该舰在武汉会战中被日寇击沉，直到1997年才被打捞出水，当时内地电视台曾大肆报道此事。中山舰在其服役的25年中，先后经历了护法运动、孙中山广州蒙难、中山舰事件、武汉保卫战四大历史事件，可谓是孙中山先生历经磨难、矢志救国的历史见证）。此后，孙中山在永丰舰上指挥其余几艘战舰游戈于附近航道，与陈炯明叛军相持50余日，等待入赣北伐军回援，共同歼敌。

孙中山广州蒙难，驻于永丰舰期间，有两件事是值得提及的，这两件事在大陆的历史教科书和相关书籍中都是很少介绍的，其原因是大陆方面认为不值得说，或不想说。

第一件事是说，陈炯明叛变，炮击总统府时，孙中山声泪俱下，不肯离开，要以身殉职，昭示天下。后在夫人宋庆龄的苦苦相劝之下孙中山才离开，其警卫营长叶挺﹑薛岳率众拼死抵抗，这才保得孙中山周全。然而，身怀有孕的宋庆龄最后离开，因沿途惊吓、颠簸弄得腹中胎儿流产，也从此失去了生育的能力。

第二件事是台湾历史教科书一定要讲的“蒋中正赴难永丰舰”。

蒋介石是最早识破陈炯明阴谋的人，早在孙中山于广西积极准备北伐时，蒋介石就说过“陈炯明不可信任”，但当时孙中山信任陈炯明，蒋介石只能谨守缄默。后来，蒋介石曾多次提醒孙中山提防，但都没能获得重视。至1922年5月底，叶举率部回到广州后，蒋介石又屡屡致电孙中山的忠实支持者，促请他们务必进攻叶举指挥下的陈炯明部队。待孙中山自前线返粤时，蒋介石为保护孙中山免遭陈炯明伤害，又多次提醒，但孙中山认为这是蒋介石和陈炯明之间的争权夺利而已，根本没有理睬。陈炯明叛变后，孙中山在永丰舰上给蒋介石发去急报，要他速来支援；蒋介石于6月18日收到电报，25日离沪赴粤，一路上披星戴月、马不停蹄，29日抵黄埔，随即直赴黄埔永丰舰晋见孙中山。

孙中山见蒋介石危难之际不远千里，不畏炮火，勇扑虎穴，助其脱险，心中感动无比，只觉得是“患难见真情”，并对自己过去对蒋介石的误解表示无比的惭愧。也正是从那时起，蒋介石在孙中山心目中的地位重要起来，孙中山曾说：“蒋君一人来此，足当两万援军。”；随后，孙中山将海上指挥全权交给蒋介石，蒋介石从此正式执掌国民党军权。蒋介石在患难之中，随侍左右，安危共仗，生死相伴，令孙中山感动得涕泪纵横；在永丰舰上，孙中山和蒋介石有过一张合影，照片上，孙中山坐在甲板椅子上，蒋介石伺立于后；这张照片在历史上十分有名，在台湾的历史教科书或相关书籍、历史博物馆等随处可见，它是蒋介石一生命运转捩点的历史证明，是日后蒋介石发迹的政治资本。

不过，客观的说，蒋介石绝非浪得虚名，他统兵应险后，情势便发生了逆转。从蒋介石赴难登上永丰舰那天起，陈炯明就已经是心有余悸了，后来，在蒋介石的指挥下，孙中山的舰队冲破敌军炮火封锁，粉碎了敌人企图用水雷谋杀孙中山的计划，有力的保护了孙中山夫妇。

陈炯明叛变后，孙中山曾电令李烈钧迅速归师回粤，协助平叛，但北伐军从赣南回师途中受到了陈炯明叛军和直系军队的前后夹击，损失惨重，进展十分缓慢，后经月余苦战，终因寡不敌众而失败。在蒋介石的劝说下，孙中山鉴于形势的恶劣，决定离开广州，暂作躲避，调养休整后再作打算。8月9日，蒋介石随孙中山乘英舰赴港；10日，又换乘俄船返沪。第二次护法运动终因陈炯明的叛变而失败。　　

为消灭陈炯明叛军，孙中山于1922年10月将驻福建的北伐军组成东路讨贼军，又以滇军杨希闵部和桂军刘震寰部等组成西路讨贼军。1922年12月，各路讨贼军共同向广东进兵；1923年1月，讨贼军击溃陈炯明，陈炯明退守惠州。

1923年2月，孙中山自上海重返广州，第三次在广州建立政权，再任陆海军大元帅，重新成立大元帅府，恢复元帅制。3月2日，大元帅府正式成立，孙中山就任大元帅，蒋介石被任命为大本营参谋长。

回想过去十数年的革命历程，孙中山感慨万千。自革命以来，孙中山凭借的仅是自己的一腔热血和对民族、国家危亡的担忧，手中却并无可用来铸就新国家的工具——武昌起义，靠的是新军的力量和湖广总督瑞澂的临阵脱逃才侥幸成功；“二次革命”是依靠李烈钧等，他们既败，革命也就败了；护国运动全靠西南军阀；后来自己组建护法政府，也是靠陆荣廷这帮西南军阀的拥戴才得以成功，然而第二年就又被这些人挤兑走了；第二次在广州组建政府，是靠自己一手培养的陈炯明，可是后来居然连陈炯明都叛变，而且自己还差点丢了性命……想起这些，孙中山深深感到，没有一支属于自己的军队，革命理想便很难实现，为此，孙中山决定抛弃护法的旗帜，通过建立自己的革命武力来实现三民主义的建国理想。