1939年抗战进入战略相持阶段后，中日双方的战略态势和方针政策都发生了变化。国军经过几次大会战的失败，损失惨重，急待整训，国府也制定了持久抗战、苦撑待变的总方针。日军虽然占领了中国大片领土，但由于战线过长，人力、物力、财力消耗巨大，也陷入了困境，已是强弩之末，再加上国府和中共都有部署敌后武装力量不断袭扰，因此日军被迫停止了大规模的战略进攻，转而采取较为保守的策略，大力培植亲日傀儡政权，以华制华，并在政治上诱降国民政府。事实上，在1939年，不管日本愿不愿意，中日战局都已经向蒋介石口中的“持久抗战”方向转化了。

1938年10月日军占领广州后，为切断中国在华南的海上交通线，决定攻占海南岛。1939年2月10日，日军板垣师团主力在海南岛北部天尾港登陆，海口、琼山当日陷落。同时，另一路日军在崖县、榆林、三亚湾登陆，国军退入山区，日军侵占全岛。6月，粤东日军又在汕头登陆，攻占了汕头和潮州，国军主力退至内陆。8月上旬，日军攻占深圳，切断了由香港输入物资的通道。11月15日，粤西日军在钦州湾登陆，突破国军阵地，引发桂南会战，防城、钦县等地相继沦陷。11月24日，日军攻占南宁，随后以一部南下攻占龙州及镇南关，另一部北上攻占高峰隘、昆仑关。桂林行营主任白崇禧为收复南宁，恢复桂越国际交通线，于1939年12月调集第四战区国军主力分三路反攻南宁，北路从思陇向昆仑关进攻，东路袭扰邕江南岸日军吸破坏邕钦路，阻止日军增援，西路向高峰隘进攻，并阻击南宁出援之日军。12月18日，北路国军发起昆仑关战役，杜聿明以一个师的兵力从昆仑关正面发起总攻，另派一个师迂回昆仑关侧后。12月19日，西路国军向高峰隘、四塘、新圩、吴圩等地进攻，东路国军向钦州、小董、大塘等地攻击，以配合北路军作战。至12月31日，北路国军歼敌4000余人，收复昆仑关。

昆仑关战役中，国军歼灭的日军在一个师团以上，使日军无力继续西犯。同时，粤中日军沿粤汉铁路北上，于12月底攻陷英德，进至翁源附近。1940年1月上旬，日军又从粤北抽调兵力增援桂南，并于28日发起进攻，至2月3日，先后攻占宾阳、昆仑关，随后收缩兵于南宁附近。不久，国军发起反击，于2月14日再次夺回昆仑关，并进至五塘等地，日军固守南宁外围，在四塘、高峰隘、蒲庙之线与国军形成对峙，桂南会战结束。 

武汉会战后，日军虽然占领了武汉，但国军的野战军却转入侧翼，日军当时的占领区实际上是沿着长江的一条狭长地带，这条从上海到武汉沿水路延伸的占领区，受到第三战区，第五战区及第九战区之间百万大军的威胁，其中最可怕的要害，就是以南昌为中枢的赣北地区。1939年，第九战区规划的临敌前方是赣北而非湘北，只要国军在赣北有一次决定性的成功突进，就足以腰斩日本华中派遣军。而日本则早在1938年9月武汉会战期间便想乘胜攻占南昌，不料在万家岭遭到第九战区薛岳兵团的重击，一个师团全军覆没，一个师团伤亡惨重，折兵三万多人（即前面文章讲过的“万家岭大捷”），因此只好放弃了南昌这个次要战略目标，专注于武汉方面的战事。

万家岭战役结束后赣北形势较为稳定，薛岳也在长沙大火后被调到长沙代理第九战区司令长官，赣北地区的守备则由第十九集团军总司令罗卓英以第九战区前敌总司令的名义负责。1939年2月中旬，日军为切断浙赣铁路，解除国军对沿江日军的威胁，并割断东南各省同西南后方的联系，以4个师团并海军一部进攻南昌，从而引发南昌会战。3月17日，日军展开进攻，20日强渡修河，随后分两翼向南昌攻击，并于27日占领南昌。南昌失守后，国军向西退却，日军也向西追击，于4月2日攻占重镇高安。此后，日军由于兵力不足，停止追击，并从南昌地区撤走部分兵力用于其他战场，形势才相对稳定下来。为收复南昌，担任反攻任务的国军第三战区部队于4月16日分三路发起反击。4月20日，国军强渡锦江向高安推进，与日军激战数日，双方都有很大伤亡。经过苦战，各路国军陆续逼近南昌城郊，5月2日全线出击。日军则在空军的协同下顽强反击，使国军的攻击受挫。5月9日，蒋介石下令停止进攻，全线恢复原态势，南昌会战结束。这次会战虽然最终未能收复南昌，但仍给予了日军有力的打击和牵制。

另一方面，在武汉会战后，国军将一个集团军的主力从湘南转至枣阳，加强第五战区实力，对日军造成严重威胁。为确保武汉占领区，威逼四川，日军调集4个师团和1个骑兵旅团的兵力，进犯湖北随县、枣阳，意图围歼第五战区国军主力并占据随枣地区。

1939年5月1日，驻钟祥、京山方向的日军在飞机、坦克的配合下向钟祥以北中国军队阵地发动进攻，引发随枣会战。5月4日，日军突破长寿店两侧守军阵地，即以主力沿襄河东岸向枣阳方向突击。中国守军顽强阻击，并不断以襄河西岸的部队渡河侧击北犯日军，但终因日军装备精良、行动迅速，未能阻止其进犯。5月8日，日军占领枣阳，10日，再占湖阳镇和新野，12日又夺取了唐河，并一度占领南阳。此时，驻应山方向日军发起进攻，连陷吴家大店、徐家店。5月4日，日军与中国守军激战两昼夜后，又夺取了塔儿湾阵地。国军被迫放弃高城向西转移，高城为日军占领。5月5日，日军一部向天河口市发起进攻，并于两天后夺占天河口。5月8日，高城日军向厉山阵地发起进攻，守军与敌展开激战，厉山阵地于当日失陷，日军对国军形成东西夹击之势。日军指挥官冈村宁次见战事进展顺利，遂令驻信阳的日军向桐柏进攻，5月10日，该路日军攻陷桐柏，12日陷新集和西新集，形成对枣阳东北地区的包围。

在各路日军先后占领桐柏、高城、三阳店、唐河、新野一线，即将合围桐柏山、大洪山守军主力的形势下，第五战区司令长官李宗仁急令第31集团军主力会同第一战区第2集团军由豫西南下，向唐河、新野一带反击，同时，命令在大洪山、桐柏山担任游击任务的国军向唐县镇、枣阳攻击，牵制日军西进，命令襄河两岸部队堵截日军退路。5月13日，李宗仁下令国军发起反攻，大洪山、桐柏山游击部队阻击回撤日军，国军另向南阳增兵，先后克复唐河、新野。5月15日，国军各路援军同时攻击，经三日激战，重创日军，日军因苦战多日，疲惫不堪，被迫向东南退却。5月19日，国军收复枣阳，23日收复随县，随枣会战结束。

随枣会战中，国军以伤亡2.8万人的代价换取了战役的胜利，歼敌1.3万余人。