“宁汉合流”后，虽然武汉政府人员迁至南京，但对于新政府如何组建，各方却仍存争执。在“容共”问题上，国民党内部一直分作三派：第一派是我们过去讲过的、最早主张清共的“西山会议派”，他们在上海设有中央党部；第二派是以蒋介石为首的国民党新右派，他们在武力清共后，于南京设立中央党部；第三派则是将容共坚持到最后一分钟的汪精卫，其中央党部设在武汉。

1927年8月，蒋介石宣布下野，南京政府内支持蒋介石的人，如胡汉民、吴稚晖、蔡元培、李石曾、张静江等也随之联袂辞职，离开南京。蒋介石先至上海，再转返原籍奉化，最后于9月28日自上海动身东渡日本。于是，南京就成了李宗仁、白崇禧等桂系军人的天下。随后，武汉国民政府宣布迁都南京，实现“宁汉合流”，于是便到了讨论新政府权力分配问题的时候了。

当时，国名革命军中桂系的势力虽然在北伐中大大扩张，但桂系在国民党内却没有什么地位，于是统治南京的桂系实力派就拉拢了“西山会议派”中的国民党元老来为自己撑腰。1927年9月11日，武汉、南京和上海（指“西山会议派”，因其总部在沪）三方面的主要负责人汪精卫、李宗仁和邹鲁在上海召开了宁、汉、沪三方中央委员谈话会，讨论宁汉政府合并和统一党务的问题。会议上，李宗仁和“西山会议派”的张继一唱一和，力主废除二届一中全会上的《弹劾西山会议案》，并指责汪精卫反共不力，贻误党国大业。最后，武汉方面代表孙科提出了一个折衷的办法：由宁、汉、沪三方共同组织一个中央特别委员会，作为过渡，打理党务，这一提议被各方所接受。在随后选出的14位中央特别委员会代表中，汪精卫虽然排名第一，但桂系军人和“西山会议派”成员却占据了多数，汪精卫、蒋介石、胡汉民等国民党重量级人物都反对这个特委会。此时，蒋介石和胡汉民都已下野，于是汪精卫也于9月13日通电下野，以示抗议。

9月16日，国民党中央特别委员会在南京正式成立，次日，中央特委会第二次会议决定改组国民政府和军事委员会。9月20日，新产生的国民政府委员和军事委员会委员同时举行就职典礼，至此，国民党“三个中央党部、两个中央政府”并存的局面宣告结束，宁、汉、沪三方合流遂成。然而，桂系军人和“西山会议派”在军事实力上不比蒋介石，在党内资历声望上又不如汪精卫，因此由他们控制的中央政府注定是难以长久的。

9月21日，汪精卫、唐生智等人成立武汉政治分会，与中央特委会相对抗。同时，唐生智率部由安庆东进，攻占芜湖，威逼南京。南京特委会一面派人与汪精卫协商，一面派李宗仁、程潜、朱培德分兵三路讨唐，宁汉合流变成了宁汉战争。11月11日，唐生智战败，通电下野，西征军占领武汉。战争期间，汪精卫在张发奎、李济深等人的联名邀请下，于10月21日前往广州，并于10月30日召集在粤的中委会成员开会，通电全国否认南京特别委员会的合法性。随后，汪精卫邀集外地中委会委员前来广州，在广州召开二届四中全会，而南京方面作为回应，也发出通电，坚持特别委员会不能取消，并邀请各地中委会委员到南京召开二届四中全会，国民党又出现了宁粤分裂的局面。

在国民党内哄不断之时，很多国民党人都电请蒋介石回国复职，收拾乱局，就连本来反蒋的桂系李宗仁也顶不住了，在汪精卫公开反对特委会后，他也表示同意蒋介石回来复职。而这一期间，蒋介石正在日本。蒋介石此次访问日本办成了两件大事：其一是见到宋老夫人并征得了她对自己与宋美龄婚事的同意，其二是得到了日本方面对北伐的理解和支持。

1927年3月北伐军进入南京时，在共产党的策动下，南京发生了很多针对外国人的暴行，美英列强对此十分恼火，曾炮击南京报复，并向武汉和南京政府同时提出了最后通牒。后来，蒋介石用“四·一二”清共进行了回应，让以反共为第一国策的欧美列强有了一块石头落地的安心感，同时也开始在政治和经济上支持蒋介石，使蒋介石终于可以放心大胆的与曾是国民党后援的苏联人决裂。苏联和中共在北伐军内策动杀戮外国人，本来是想断绝蒋介石投靠欧美列强的后路，谁料却反而促成了蒋介石彻底反共的决心，实在是搬起石头砸自己的脚。

1927年9月底到11月初，蒋介石在日本先后与日本首相田中义一，陆军大臣向川义则等政府要人进行了多次密谈。日方要求蒋介石承认日本在满蒙的特殊权益，履行孙中山生前的诺言（据说孙中山生前曾以满蒙的特殊权益作为日本援助中国革命的交换条件），蒋介石则要求日本不援助张作霖，支持国民党统一中国。最后双方达成协议：日本不援助张作霖，支持反共反苏的国民革命取得成功，承认国民党在中国建立政府，并保证向蒋介石提供一笔巨额借款。蒋介石则表示承认日本在满蒙的特殊权益，坚决反共到底。蒋介石访日期间还与美国驻日本特使进行了会谈，得到了美国“支持以蒋介石为首的国民政府”的许诺，而蒋介石则许诺保障美国在中国的一切权益。蒋介石利用下野进行外交活动，取得了日美等列强的政治和经济支持，大大增加了他在国民党中的政治资本。

1927年11月10日，蒋介石从日本回到上海，立即给汪精卫拍电报“负荆请罪”，因为毕竟汪精卫在党内有相当高的地位和威望，只有得到汪精卫的谅解，蒋介石才能顺利复职。汪精卫见蒋介石确有诚意，便于11月16日乘船赴上海和蒋介石商谈国民党各派的联合问题。但没想到汪精卫刚一离开广州，张发奎等人就发动了一场倒桂政变，将桂系在广州的部队缴械，随后又指挥粤军在梧州一带和桂军相持。而中共则乘广州城内空虚之机，在叶挺、叶剑英的领导下于12月11日发动了广州暴动（中共称为“广州起义”），烧杀焚砸，造成极大的损害。

广州暴动后，全国哗然，声讨之声一片，张发奎等人见众怒难犯，均宣布辞职前往香港。而蒋介石和西山会议派，以及桂系军人则借机攻击汪精卫，说他和张发奎等人勾结共产党，蓄意制造了焚杀广州事件，甚至说汪精卫本人就是共产主义分子，搞得汪精卫百口莫辩。接着，南京特委会要求查办汪精卫，白崇禧甚至找上海青帮头目杜月笙下绑票暗杀汪精卫。虽然后来查明广州事件和汪精卫并没有直接关系，但汪精卫作为广州政府首脑却也难逃责任，于是汪精卫于12月16日发表了引退声明，和夫人陈璧君一起前往法国。

汪精卫走后，国民党中已经没有人能制约蒋介石了，蒋介石独揽大权。1927年12月28日，南京中央特别委员会宣告结束。1928年1月4日，蒋介石回到南京，9日宣布复任国民革命军总司令。2月2日，国民党二届四中全会在南京召开，党内各派统一在蒋介石麾下，使持续了半年之久的国民党党内斗争暂时告一段落，会议还明文取消了孙中山在一大时制定的联俄容共三大政策，凡因反对三大政策而被开除党籍的人一律平反。这一次，蒋介石接受了以前搞独裁引起党内强烈反对的教训，特别注意不给人造成独裁的印象：蒋介石本人只担当军事委员会主席，国民政府主席则由谭延闿出任；同时，蒋介石还建议除南京中央政府之外，在广州、武汉、开封、太原建立四个政治分会，以互相监督，李济深、李宗仁、冯玉祥、阎锡山分任四个政治分会主席。3月，蒋介石出任中央政治会议主席。

至此，蒋介石走上了中国权力的巅峰，而此间还发生了另一件对蒋介石今后政治生涯十分重要的事情，那就是蒋介石与宋美龄在1927年12月1日结婚。宋家是民国时期的一个声名显赫的家族，宋嘉树（宋耀如）曾资助过孙中山早期的革命，他的三个女儿也都是当时中国最具传奇色彩的女性，素有“宋家三姐妹”之称。三姐妹中，大姐宋蔼龄爱钱，嫁予山西富豪孔祥熙，二姐宋庆龄爱国，嫁予革命领袖孙中山，小妹宋美龄爱权，嫁予了野心勃勃的蒋介石。蒋宋大婚之日，上海一家报纸以“中美合作”为标题，这里“中”是指蒋中正，“美”是指宋美龄，语带双关的指出蒋介石的上台将使中国远离苏联而投向美国一方，而蒋夫人宋美龄日后也将成为中美外交沟通中的一个重要人物。