在狼堡里，红太狼因为小灰灰从出生到一岁没开过羊荤大发脾气，灰太狼于是又去羊村准备抓羊。在羊村，羊儿们正在准备慢羊羊当村长100周年的庆典。然而村长骑的蜗牛突然摔倒受伤，村长看到蜗牛的血没有牛气，认为是100年前的大瘟疫到来了。村长回忆起100年前。当软绵绵还是村长时，发生了一场大瘟疫。慢羊羊和软绵绵一起去树林探寻传染根源。很快，他们找到了传染源——一只蜗牛。软绵绵为了不让慢羊羊冒险，于是把慢羊羊打晕，自己独自用缩小药水进入蜗牛体内解决瘟疫。当慢羊羊醒来时，蜗牛们都好了，但软绵绵却消失了。但慢羊羊坚信软绵绵没死。众羊把蜗牛带到了实验室。慢羊羊想自己进入蜗牛体内再次解决瘟疫，并叫众羊不要插手。当慢羊羊准备打开缩小药水时，却因拉肚子抛下药水进了厕所。为了不让慢羊羊冒险，喜羊羊，沸羊羊，美羊羊和懒羊羊决定偷偷进入蜗牛体内解决瘟疫，暖羊羊则负责照顾村长和羊村。喜羊羊一行人进入蜗牛体内后，村长才进入实验室，但什么也做不了。灰太狼缩小后进入了实验室，看见喜羊羊一行进入了蜗牛体内，为了抓羊自己也进去了。灰太狼为了抓羊在蜗牛体内挖了许多陷阱。但掉下来的却是嘭恰恰。灰太狼不知道嘭恰恰的厉害挑衅嘭恰恰，结果被黑牛军抓走。同时，喜羊羊一行人也发现了掉进陷阱的咚咚锵。救他上来后他一溜烟不见了。但不久，又听到咚咚锵的求救声。众羊赶到后才知，咚咚锵是白牛军的逃兵，白牛军抓到了他。白牛士兵由于没见过羊，所以把众羊拉去当了军人。途中众羊知道了咚咚锵的来历：他的爸妈分别是白黑牛军，很早就死了，因为自己是混血儿，所以很受歧视。他还有一个亲生失散的哥哥。灰太狼也被抓去了黑牛军基地。黑牛军国王认为他是白牛军的奸细。灰太狼为自己辩解，并交给国王坦克图纸，说这纸一定能打败白牛军。于是国王叫军工师连夜打造10000台坦克。第二天凌晨，国王说坦克造好了。当灰太狼看见军队时，不禁惊呆了：因为所有的坦克都是迷你的，只能戴在头上！国王叫灰太狼去率领大军打仗，自己回家凉快去了。灰太狼想到了变大药丸，于是把坦克们变成了正常大小。黑白两军交锋，黑军自然占优势。喜羊羊想这样下去不是办法，想到了缩小药水，于是又把坦克变小了......白军战胜了，羊儿们上升为上校。第二天，灰太狼用飞机进攻。喜羊羊打电话叫暖羊羊打个喷嚏，于是里头刮起大风，把灰太狼军击溃。白军节节胜利，打到了黑军的老巢，黑军逃跑（好像是的）。灰太狼见情况不妙，骗白牛大王自己是白牛军的，并骗到了总司令的位置。这时，传来山贼黄牛军打来的消息。喜羊羊断定他们才是蜗牛病倒的罪魁祸首。灰太狼见势，诬陷小羊们是黄牛军的，但没成功。白牛国王命令灰太狼打黄牛军。于是灰太狼军开着坦克与黄牛军对战。灰太狼本以为能轻松胜利，结果却是完败，灰太狼被俘虏。灰太狼到了黄军老巢，没想到黄军的首领竟是彭恰恰。一个乌贼报告说挑拨黑白两军的任务已完成，正想回家，却被嘭恰恰吃掉了：“没有用处的人就该被吃掉。”灰太狼赶紧说自己有用处，然后把飞机坦克图纸拿给嘭恰恰看，却被认为是山寨。情急之下，灰太狼说自己能做细菌控制仪。彭恰恰同意了。

 

　　细菌控制仪做好后，黄牛军控制了黑白两军，但国王仍在潜逃。这时，红太狼抱着小灰灰到了实验室。她担心灰太狼有危险。由于之前和喜羊羊通过话，村长了解了情况，便如实对红太狼说了。红太狼担心灰太狼，提出要和慢羊羊去里面，小灰灰留在外面。但小灰灰乱玩药水，硬是把三人都弄进去了。只留暖羊羊守护羊村。 喜羊羊一行为了弄清楚是怎么一回事，便用风筝潜入黄军老巢。但由于懒羊羊把零食掉了下去惊动了黄牛军，喜羊羊一行迫降。但黄牛军一看到咚咚锵就直呼大王——原来咚咚锵和彭恰恰长得很像，就是黑眼圈一左一右。咚咚锵一行直奔黄军老巢，结果不巧碰上了嘭恰恰。嘭恰恰用身份证证明自己是首领。得知真相的黄军开始追捕咚咚锵一行。然后他们逃到了军工处，碰上了灰太狼，得知机器是他设计的。因为什么原因（忘了）灰太狼用控制仪把彭恰恰控制了。但此时，红太狼，小灰灰和慢羊羊从天而降，砸中了灰太狼。小灰灰偷偷跑去拔下了嘭恰恰身上的控制仪，嘭恰恰能动了。嘭恰恰因为灰太狼背叛他，所以吃掉了灰太狼，把剩下的人统统关入大牢。在牢门前，咚咚锵说了一句：“咚咚咚，妈妈救我！”使彭恰恰认出了咚咚锵是自己的弟弟，拉着咚咚锵去叙旧。牢中，红太狼因为灰太狼被吃而伤心不已。一番说明后，喜羊羊他们知道了村长一行来的目的。而接下来，大家竟然看到了软绵绵出现了！原来，软绵绵进入蜗牛体内后，发现黄牛军本性很善良，于是和他们生活，改造了他们，治好了病。后来，他发现并收养了彭恰恰。彭恰恰本性也很善良，但被仇恨蒙蔽了双眼。长大后，嘭恰恰想征服蜗牛界。由于软绵绵的不停劝阻使彭恰恰感到厌烦，所以他索性把软绵绵关起来了。 这时，咚咚锵灌醉彭恰恰并装成彭恰恰赶来救大家。感激之余，大家决定先毁掉控制中心。 路上大家撞上了嘭恰恰。原来，咚咚锵把水当成了酒，没有灌醉彭恰恰。咚咚锵于是赶紧拖住嘭恰恰，为大家争取时间破坏控制台。众人赶到了控制台前。正当喜羊羊准备砸控制中心时，嘭恰恰赶到阻止了他。然后嘭恰恰控制了红太狼，懒羊羊，沸羊羊，软绵绵，美羊羊和小灰灰。形势十分危急。这时，喜羊羊想到了村长肯定带了爆破药水。可村长带成了加速药水。这时喜羊羊想到加速药水有拉肚子的副作用，于是牺牲自己，连自己和药水跳进了嘭恰恰的肚子。彭恰恰拉肚子，众人恢复正常。为了不辜负喜羊羊的牺牲，大家齐心协力砸控制台。此时嘭恰恰把喜羊羊和灰太狼拉出来了。当三人赶回去时，众人高兴于喜灰的回归。沸羊羊此时碰到了自爆装置，bong的一声，实验室里全是液体。红太狼，沸羊羊，美羊羊，软绵绵，懒羊羊和慢羊羊顺利逃脱，可之后门就被嘭恰恰关上了。嘭恰恰想让剩下来的人一起死。当液体漫到快到顶部时，喜羊羊把天花板上的窗口打开了。其他人听到了声音过来救人。此时小灰灰不见了。喜羊羊救上了小灰灰，灰太狼和小灰灰被救上了。然后咚咚锵准备和嘭恰恰一起上去，但彭恰恰不肯。情急之下，咚咚锵硬是把嘭恰恰拽上来了。接下来只剩喜羊羊了，但是此时洞口被封。为了大家能顺利逃脱，喜羊羊决定牺牲自己，不要大家徒劳救他了。大家含泪逃出。出去之后，软绵绵让黑白两国和好，并说服了彭恰恰。然后大家走了。次日，灰太狼和红太狼送来礼物，却得知庆典因为喜羊羊的死而不办了。但大家还是打开了礼物。但那是灰太狼的陷阱。随着一声爆炸，羊儿们昏过去了。半路，喜羊羊竟然出现并解救了大家！原来，喜羊羊被蜗牛排出来了。羊儿们欣喜若狂。然后，他们把灰太狼3人送入了太空......

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